电影发生在电视剧大结局7年后。在电视剧最终回中，哲雄藏在山中的尸体因山体滑坡而被发现。警察断定这是一起凶杀案，成为刑警被分配到警视厅搜查一课的爱女零花，开始向哲雄投以疑惑的目光。另一方面，洼等半堕落犯罪组织再次将目标锁定在哲雄身上并开始行动。并且，曾经掉进哲雄的陷阱，被诬陷并过着逃亡生活的恭一也再次出现了。“杀人犯的父亲”vs.“警察的女儿”vs.“半堕落犯罪组织”，继电视剧的大危机之后，电影中更加陷入绝境。为了守护深爱的家人，父亲的最后一战拉开了帷幕bbb

怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近…bbb

2024年剧场版制作决定：怪盗基德和服部平次登场！舞台为北海道函馆！2024年的主角是——怪盗基德VS服部平次！！eee

本片讲述了室井希望在故乡安静地生活，但逐渐与当地居民产生了摩擦。并且，在当地居民的对话中，和室井一起生活的谜之少年们的来历也明确了。根据室井的通报，情况进一步转变，与安逸的故乡生活格格不入的大量警察、直升机和警车出现了。事件的影子悄然靠近室井的身边..aaa